申王文成吕好问（翻译）
吕好问，字舜徒，是侍讲吕希哲的儿子，凭借父祖的恩荫补授官职。
崇宁初年，朝廷追究元祐党人之事，吕好问因为是元祐党人的后代而受到牵连，被停止任用。他先后两次主管东岳庙，又在扬州掌管礼仪方面的事务。当时蔡卞任扬州长官，想要攀附清正之士，因而对吕好问格外优待。吕好问始终以礼自守，不让蔡卞同自己亲近。
等到蔡卞执掌朝政，当年在他属下任职的人大多得到提拔，只有吕好问仍然沉滞不进。蔡卞暗示他说：“你当初稍微亲近我一些，现在早已跻身显要职位了。”吕好问只是笑而不答。政和年间，他遭逢父丧，居丧完全遵守礼制。服丧期满后，他仍未得到官职，便闭门讲学，士大夫舆论更加敬重他。
靖康元年，吕好问因人推荐被召入朝，先后担任左司谏、谏议大夫，又升为御史中丞。愍宗告诉他说：“你是元祐党人的后代，朕特意任用你，是要让天下人知道朕的政治取向。”
此前，幽宗准备传位，曾下诏解除党禁、废除新法，全部恢复祖宗旧制。但蔡京一党的亲属和党羽盘结朝廷内外，阻挠诏令实施，没有人肯认真奉行。吕好问上言：“当时的利害、政事的缺失，太上皇的诏书已经说得十分完备。即使让敢于直言的人上疏逐条论述，也不可能超过这些内容，只希望把诏书中的措施一一实行罢了。”他又说：“陛下早起晚睡，表现出求治的愿望；发布号令，也都是求治的话。可是到现在已经半年，治理成效仍然十分遥远，实在是因为陛下身边和朝廷内外的官员，不能推广您的德意，而陛下又过分宽容姑息。我担心淳厚的德性会变成软弱颓靡。况且如今若不彻底革除蔡京、童贯等人的弊政，太平便无从实现。”愍宗采纳了他的意见。
吕好问上疏列举蔡京的罪恶，请求把他流放到化外之地，并贬斥依附蔡京最严重的人，以警戒其余党羽；又请求削去王安石的王爵，纠正神宗庙庭配享的安排，褒扬元祐、元符年间遭受贬谪的群臣，废除青苗法令，前后共上疏十次。每当他入朝奏对，即使皇帝正在吃饭，也总让他说完。
当时敌军已经退去，大臣们安然自处，不再准备防御，军备更加松弛。吕好问上言：“敌军这次达到目的以后，会更加轻视中原，秋冬时节必定会倾全国之力再次进犯。抵御敌人的准备，应当立即筹划。如今边防事务已经筹议了十多天，却看不到任何实际部署；臣僚的奏请也都不下发执行，这是我最为忧惧的事情。”
等到边境警报紧急，大臣们不知如何应对，只派使者求和。敌军表面答应议和，实际上仍照常攻城掠地；各路将领因为朝廷正在议和，全都关闭营垒，不敢出战。吕好问又上言：“敌军名义上求和，实际上却在进攻；朝廷为什么不筹划出兵、派遣将领呢？请立即集结沧州、滑州、邢州、相州的守军，阻挡敌军突进；并把各地勤王军队部署在京畿州县，保卫京城。”奏疏呈上后，没有得到省察和答复。
敌军攻陷真定，进攻中山，朝廷上下惊恐震动。廷臣彼此观望，无法作出决断，仍然以议和为借口。吕好问率领御史台属官弹劾大臣怯懦误国，因此被调出京城，任袁州知州。愍宗怜惜他的忠诚，只把他改任为吏部侍郎。后来敌军逼近都城，愍宗这才想起他先前的意见，提升他为兵部尚书。
都城失守后，朝廷召吕好问进入宫中。数万军民手持斧头进攻左掖门，要求面见皇帝，吕好问陪同皇帝登楼，向众人说明情况，劝他们散去。卫士长蒋宣率领数百名部下，想保护皇帝冒着重围冲出城去，左右侍从纷纷逃散，只有吕好问、孙傅、梅执礼留在皇帝身边。
蒋宣高声斥责宰相误国，言语中又攻击孙傅。吕好问开导他说：“你们忘却自身家族的安危，想冒着敌军重围保护皇帝出城，确实是忠义之举。但皇帝将要起驾，必须车辆、仪仗、武备和护卫全都完备以后才能行动，怎么可以轻率呢？”蒋宣心服口服地说：“尚书确实懂得军情。”于是挥手让部下退去。
愍宗第二次前往敌军营中，吕好问实际随行。皇帝被敌军扣留以后，敌人让吕好问返回，安抚都城中的人心。不久，敌军拥立张邦昌，任命吕好问为事务官。张邦昌进入都堂办公，吕好问对他说：“相公是真的想登上帝位吗？还是暂且满足敌人的要求，日后再想办法呢？”
张邦昌说：“这是什么话！”吕好问说：“相公知道中原人心归向何处吗？人们现在不过是畏惧女真人的兵威罢了。女真人一旦离去，相公还能保证继续保持今天的局面吗？大元帅在外，元祐皇太后在内，这大概正是天意所在。为什么不赶快归还政权，使祸患转化为福运？况且都堂不是臣子可以作为宫殿居住的地方，应当暂住值宿官员所用的殿庐，不要让卫士排列在宫殿台阶两旁。敌军留下的袍服和腰带，只要女真人不在旁边，千万不要穿戴。皇帝车驾尚未返回，你发布的文书不应称为‘圣旨’。”张邦昌于是让吕好问代理门下省事务。吕好问虽然署写了这个代理官衔，但办理一切公事时仍使用原来的官职名义。
当时张邦昌虽然没有另立年号，但各官署的公文大多删去了“靖康”年号，只有吕好问办理的文书仍写“靖康二年”。吴幵、莫俦请求张邦昌在紫宸殿、垂拱殿接见敌国使者。吕好问说：“宫中和官署里的旧臣突然看见张邦昌坐在正式朝殿上接见使者，必定会惊愤，随时可能发生变乱，怎么办呢？”张邦昌惊惧地停止了这一安排。王时雍提议大赦天下，吕好问说：“京城四壁以外都不归我们控制，还能赦免谁呢？”于是只在城中实行赦免。
起初，敌军计划派五千骑兵袭击并擒获康王。吕好问得知后，立即派人送信报告康王，说：“若大王估量您的军队可以交战，就拦击敌军；若不能，就应当远远避开。”又说：“大王如果不自行即位，恐怕会有不应当即位的人登上帝位。”随后他又对张邦昌说：“天命和人心都归向大元帅。相公若首先派人拥戴他，那么功劳没有谁能超过相公；若到关键时刻仍不行动，别人仗义起兵讨伐，后悔还来得及吗？”于是张邦昌派谢克家捧着传国宝玺前往大元帅府，但要等敌军撤退后才出发。
敌军准备北返时，商议留下军队保护张邦昌。吕好问说：“南北气候环境不同，恐怕北方士兵不适应这里的风土，必定不能相安。”敌军说：“留下一个勃堇统领他们即可。”吕好问说：“勃堇是贵人，万一也不适应这里的风土，在此患病，我们的罪责就更重了。”敌军于是没有留下军队。敌军撤走以后，吕好问催促张邦昌立即派使者前往大元帅府劝进，请元祐皇太后临朝听政，张邦昌改穿臣服，回到太宰的职位。太后从延福宫入朝听政，朝廷内外才开始安定。
圣祖即位以后，元祐太后派吕好问带着亲笔书信前往皇帝驻地。皇帝慰劳他说：“宗庙社稷能够保全，是你的功劳。”于是任命他为尚书右丞。丞相李纲认为围城期间许多官员不能坚守节义，想全部追究其罪责。吕好问说：“王业正在艰难建立之时，政治上应当暂时包容污点；若一概用严厉法律约束，恐惧的人就太多了。”
侍御史王宾弹劾吕好问曾在伪政权文书上署名，不可在新朝任高官。皇帝说：“张邦昌刚僭号时，吕好问便招募人员送信，把京城内外的情况详细报告给朕；敌军刚撤退，他又派人来劝进。考察他的内心和实际行为，不能同其他人相提并论。”吕好问竭力请求致仕，又说：“张邦昌僭号时，我若闭门不出，保持个人清白，实在并不困难。只因我家世代蒙受国恩，不敢只顾保全自己，所以才冒着包围送信给陛下。”奏疏呈上后，皇帝授予他资政殿学士，任宣州知州，并让他提举洞霄宫，以恩典封为东莱郡侯。
当时道路多被阻断，又赶上皇帝身体不适，吕好问没有立即前往宣州。不久，他入朝奏对。皇帝询问中原防守方略，吕好问回答：“河北缺少兵器，中原有许多溃散军队，抵御敌人应当使用江南的财赋和西北的兵马。”于是叩头请求皇帝前往扬州。皇帝采纳他的计策，再次任命他为尚书右丞。
几天后，张浚在朝会上弹劾康履和黄潜善。康履将被处死时，言语十分傲慢无礼，吕好问厉声斥责说：“你为什么如此狂妄悖逆！”不久，杨沂中在朝堂上斩杀康履，吕好问沉默不语。到九月，李纲尚未返回，吕好问以尚书右丞的身份代理东府宰相事务。
建炎元年十一月，敌军骑兵更加逼近，皇帝前往颍州。驻跸顺昌时，吕好问率领汪伯彦、张浚和百官走出班列，叩头请求皇帝前往扬州，以凭借江淮的险要地势。皇帝作出安排，下诏让百官中的老弱及家属前往扬州，自己则亲临淮河前线。
不久，吕好问升任尚书左丞，留在皇帝驻地随行，总领处理各项政务。十二月末，刘光世部下的溃兵到达下蔡，焚烧渡口。皇帝大怒，想杀死刘光世。吕好问和张浚一同上前阻止，急切地高呼说：“可以先夺去他的兵权，再慢慢治罪！陛下怎么能亲手杀死太尉！祖宗法度到哪里去了！”皇帝不听，亲自在朝堂上斩杀刘光世。
随后溃兵鼓噪索取赏赐，吕好问请求立即打开寿州、顺昌的左藏库，普遍赏赐各军，以安定军心。过了两天，皇帝又亲手杀死了胁迫朝廷索赏的乱兵。吕好问眼泪不断流下，对御史中丞张浚说：“祖宗家法，是天下秩序的根本，怎么能够轻易抛弃！”
除夕举行盛大宴会，吕好问认为强敌就在面前，上奏请求停止宴饮。皇帝亲自送他回住所。吕好问看见皇帝收紧衣袖、解下腰带，知道皇帝里面穿着铠甲，便指着自己的幞头叹息说：“只是我这颗戴着文官帽子的头不合时宜罢了。”
建炎二年正月初四，完颜兀术派时文彬送来书信，出言傲慢辱骂，并说幽宗、愍宗已被敌国授予侮辱性的伪号。群臣放声痛哭，皇帝下旨，用群臣当年只知哭董卓而不能讨贼的旧事讥讽他们，吕好问首先退出朝堂。不久，皇帝召集东西二府的重臣，推翻先前的议论，决定拒敌五策，并立誓说：“土地不分南北，都应当死战！胆敢再主张议和的人，必定罢免贬黜！”吕好问低头领受诏命，随即在皇帝驻地督促中书舍人起草诏书，颁告朝廷内外。
正月初六，敌军急忙架设浮桥，准备渡过淮河。吕好问见朝廷大军仍未行动，请求颁发金牌催促出战。皇帝命人赐茶、设座，让吕好问同自己一起观看军队作战。此后，朝廷军队先后在下蔡、缩头滩取胜，敌军于是撤退。皇帝商议叙录将帅的功劳，吕好问请求说：“淮河前线已经取胜，朝廷抵抗敌军的决心也已经表明。但是天子尊贵，事关社稷，不宜亲自犯险。扬州背靠长江天险，又便于东南漕运，请立即移驾那里。”皇帝没有接受，最终决定前往南阳。
二月下旬，皇帝向西前往汝水口。当时盗贼丁进聚集三万人驻扎朱皋，借口说要迎接皇帝车驾。吕好问请求暂且宽容安抚他们，提出三条理由：第一，皇帝驻地正急于赶往南阳，不宜在途中开启战端；第二，敌众我寡，若立即依法严办，恐怕会激成变乱；第三，各地聚集着许多盗贼，应当广泛开放招安自新的道路。皇帝采纳他的奏议，但仍召韩世忠、王德秘密商议处置办法。
三月初，敌将完颜银术可攻破武关，汝阳一带大为震动。吕好问等人因为银术可曾擒获辽国君主，叩头进谏说：“敌势正盛，请皇帝车驾退往光州；或者迅速颁下金牌，急召韩世忠、王德入援！”皇帝斥责这一主张，坚决拒绝避敌迁徙，并下令文臣不得参与守城军事。不久，皇帝穿着红色战袍出城督战，留下吕好问、许景衡等人在城内留守。第二天，翟冲击败敌将耶律马五，汝阳之围才解除。
三月中旬，皇帝驻地到达方城山。皇帝在野外大会群臣，废除三衙，把军队指挥权归于枢密院。吕好问正式拜为首相，合并四省为都省，让他独自统领东府政务。从此，东府政务归都省，军事归枢密院，中央权力系统才开始统一。
进入南阳行宫以后，皇帝在御榻上留下五份手札，把土断、军婚等重大政务分别交给各位宰相。吕好问主管军婚、官员铨选等事务。恰逢外界议论后宫人数空虚，吕好问主张选取良家女子充实后苑，因此遭到“替皇帝选择美色”的讥评。皇帝便把这些女子全部遣出，并下严旨为吕好问申明保护。吕好问又协助制定吏员转为官员的制度，以补充朝廷缺员；还兼管火药制造。
四月，皇帝亲征叛将范琼，收复襄阳后班师。吕好问率百官到郊外迎接皇帝。恰逢吕好问和太常卿汪叔詹推荐方士，试验点化黄金白银的法术。皇帝识破其虚妄，命人把器具沉入白河，吕好问这才停止。
十一月，敌军围攻南阳，长久不能攻下，行在军民士气大振。吕好问奏请皇帝登城慰劳军队，厚赏有特殊功劳的人，以显示恩德和威严。皇帝引用愍宗时的旧事说：“从前宫女编织护颈的暖具赏给军士，士卒虽然感动流泪，但因为缺少冬衣和石炭，终究不能抵御严寒，仍旧逃散。”吕好问叩头请罪，皇帝没有追究。
十二月，朝廷商议留守主帅和派兵救援韩世忠，众人认为岳飞资历浅，难以使其他将领服从。吕好问上奏说：“岳飞资历浅，可以让开封尹杜充作为宗泽的副手，在名义上统领军队，而实际上让岳飞领兵南下。”他并且赞同立即援救韩世忠的决策。
建炎三年正月，杜充的儿子杜岩归来，朝廷得到杜充暗中勾结敌军的证据。初九，皇帝在行宫木桩林秘密召见吕好问。吕好问奉受密旨，掩护皇帝车驾离开。皇帝到达鄢陵后，随即夺取杜充所部军队，其后朝廷军队在长社取胜，敌军骑兵逃走。正月十五日，皇帝返回东京，当夜宗泽去世。
二月二十三日，皇帝前往河阴举行大规模阅兵，吕好问率百官迎驾。皇帝下诏都省追封宗泽为东阳郡王，赐谥号“忠武”，并确定韩世忠、陈规、岳飞等人的奖赏典礼。吕好问奏称诏书草稿已经拟好。皇帝举行大阅兵时，下诏让御营中实际统兵的三十六名将领在河阴盟誓，以讨伐敌军、遵守法令为约束。吕好问保持沉默，没有提出异议。
建炎三年春，皇帝迁回旧都。恰逢江宁军乱还没有平定，扬州受到震扰，皇太子因惊吓患病去世。吕好问首先倡议由宰执联名弹劾，认为李纲身负平章军国重事之任，却在护卫皇嗣方面失职，若不加责罚，无法平息朝廷议论。皇帝于是罢免李纲，让他出任太平州知州。
此后，敌军首领提出议和，答应归还两位公主，朝廷内外不少人产生了暂求休息、苟且安定的念头。吕好问认为议和是敌人的计谋，淮上誓言拒敌的国策不可改变，京城士民也都希望朝廷坚持到底。皇帝严肃拒绝和议，表示敌国必须先归还太原、陕北，并送回叛国逆臣，之后才可谈判。吕好问又代表群臣请求明确朝廷坚持的底线。皇帝决断说：“必须等到彻底覆灭敌国朝廷，扫平它的巢穴；除此以外，没有第二种方针！”
四月，伪齐刘豫发布檄文诋毁皇帝，又借祭祀先师来张扬伪政权的名号。皇帝想下罪己诏。吕好问在朝廷上伏地，请求先治自己的罪。他自我陈述说：“我过去蒙愍宗破格提拔，先后任职吏部、兵部，却拘泥于党争议论，临事不懂军事，导致都城毁坏、两位皇帝被迫北行；当时我正任兵部副长官，罪责没有比这更大的了。靖康灾难形成、张邦昌僭号时，我作为儒臣不能以死守节，反而同他周旋，志向节操不够分明，依照法律应当处死。建炎初年，我又不理解陛下坚决抗敌的志向，多次提出退避的主张。陛下若一定要颁罪己诏，不如先诛杀我这个罪臣，以端正朝纲！”皇帝于是停止下罪己诏，并命令宰相、执政和近臣不得擅自在朝廷上跪伏请罪。
五月，高丽派金富轼前来朝见。皇帝起初拒绝接见，吕好问入宫进谏说：“高丽虽然不足以依靠来抵抗敌国，但它同中原通商一向密切。自靖康以来，齐鲁沿海许多港口落入敌手，海上道路阻断，双方贸易日渐衰微。如今应当接见使者，以表明朝廷重新沟通海道、招徕商贸的意图，或许能够补助国家财政。”皇帝听从，于是接见金富轼，恢复两国之间的互市贸易。
六月，皇帝身体不适，驻跸登封。吕好问奉诏担任副使，前往洛阳八陵朝拜祭告，中途又觐见皇帝。皇帝询问河北流民把妻女典押、雇卖给他人的问题。吕好问回答：“官府拿出公库钱财，赎回御营军人的家属，以振奋士气，我认为可行。但若立即用法律命令全部废除典雇制度，恐怕会造成更大阻碍。河北流民有许多人卖身到淮南、荆襄和东南各地，各路豪强大户未必都能体谅国家艰难。突然改变旧有规则，恐怕会引起纷争。”
吕好问于是提出折衷办法，授予散阶或学校入学资格，奖励那些自愿释放流民的富户。皇帝进一步推广他的意见，恰逢特别开设恩科，便规定出钱释放流民的人可以补入州学或太学，同时把这一奖励推广到有功的士子和州县胥吏。吕好问奉诏同许景衡共同主管此事，限期在中秋以前议定办法。
皇帝引用神宗朝文彦博“与士大夫共同治理天下，不是与百姓共同治理天下”的话询问吕好问。吕好问回答说：“文潞公这句话失去了根本。孟子说，民众最为贵重，国家社稷其次，君主较轻。士大夫也出自百姓，天子是为了天下人而治理天下，不只是同士大夫共同治理。”吕好问又评论新学说：“新学只崇尚事功利益，在天理道德方面有所欠缺。”皇帝说：“功利和道德，都不可偏废。”吕好问沉默不答。
八月，皇帝在集英殿亲自策问贡士，赐六百名太学生进士及第。皇帝亲笔题写试题，忽然停笔问吕好问：“这次考试中，也有地方上政绩优良的官吏和通晓经书的武臣一同应试吗？”吕好问回答：“有。”皇帝便立即在殿中增设座位，下诏让御营前军都统制岳飞等武臣一同参加廷试。吕好问表示赞同，百官也没有异议，武臣于是获得参加廷试的资格。从此，本朝文臣和武臣之间的界限稍有松动。
秋季敌军可能南侵的时期将要到来，吕好问在都省召集宰相、执政商议，共同上疏说防秋事务紧急，请求依照南阳时的旧例，恢复宰执进入宫中值宿的制度。皇帝认为东西二府大臣劳苦，起初没有同意。中秋这天，吕好问再次上疏，认为京城军务繁重、枢密院官员有空缺，推荐兵部尚书兼开封尹陈规进入西府。皇帝采纳，任命陈规为签书枢密院事，并下诏恢复宰执轮流在宫中夜间值宿的制度。
当晚，都省下令全城戒严，准许老弱妇女南下投奔亲属，禁止壮丁和军人家属擅自出城，也禁止私自携带军用储备。随后又把两府办公地点迁入宫中的崇文院，吕好问等宰执依次轮值住宿，以便随时接受皇帝询问。
十一月，朝廷内外请求正式册立皇后，以振奋人心。皇帝因为敌寇尚未平定，又仍怀念邢皇后，推辞不肯。皇帝私下告诉吕好问等人：“现在若立皇后，将来皇位继承人从哪里产生？若有妃嫔因生子而尊贵，又该如何确定名分？恐怕会滋生事端。”吕好问于是同各位宰相制定两位贵妃并立、暂不册立皇后的制度。
建炎四年二月，江州知州韩肖胄上言，请求在河南大规模兴办屯田，供应军粮；又自请出使敌国，迎接幽宗、愍宗以及宗室近臣归来。皇帝把这些建议交给东西二府公开讨论。吕好问认为屯田正切合当前需要；至于派遣使者一事，他一时尚未作出决定。殿中侍御史万俟卨上奏说，敌势尚未衰弱，这一行动必定会被敌人用来诱导朝廷议和，使朝廷陷入忠孝大义两难的境地。
朝议正相持不下，皇帝忽然拿出兀术的密信，信中说敌国愿意不提出任何条件，归还韦太后和各位公主。事情涉及迎奉太后南归，群臣沉默不敢说话。只有吕好问上奏说：“迎奉太后，是孝道大义，不能违背。我认为应当让韩肖胄北上：一来保全孝道，二来昭告黄河两岸，使沦陷地区的百姓知道朝廷从未抛弃北方土地。”皇帝十分赞同，于是决定派遣使者北上。
当时敌军表面上以归还太后为诱饵，暗中却派重兵突然进逼关中。皇帝锐意亲征，吕好问率百官叩击宜佑门，哭泣进谏说：“天下安危系在陛下一人身上，陛下万万不可轻易经受风霜、踏入不可预测的危险！”皇帝不听，握着吕好问的手发誓说：“朕誓死抵抗敌军，决不会成为石敬瑭！但相公今天应当效法冯道，千万不可效法诸葛武侯！”又援引后晋高祖托孤的旧事告诉群臣：“朕今日托付国家，心情如同后晋高祖。五代乱世中，冯道不顾个人虚名而保全宗庙社稷，不是拘泥成见的儒生所能理解。吕相公应以宗庙社稷为重，不要因个人名节妨害国家大计。”吕好问听后沉默。
皇帝又对他说：“这次出征若朕遭遇不幸，即使潘妃生下皇子，相公也应依据‘国家需要年长君主’的原则，从大宗正司所统宗室子弟中选择年长者即位。大局安定后，应立即召李纲复相，把军事委托给岳飞、韩世忠、张荣、吴彦仙四将。朕的妻子儿女应迁往东南，交给闲散宗室照管，不许他们干预政事。如此，国家仍可恢复！”吕好问哭泣叩拜，接受遗命，从此不再进谏阻止亲征。
尧山战役取胜以后，皇帝从关西班师。当时中央执政格局发生变化，汪伯彦为国战死，许景衡辞职离开，吕好问于是升任平章军国重事，班位高于百官。
九月，皇帝在文德殿大会百官，询问高丽使者郑知常所陈之事，以及敌将粘罕南侵大名府的军情。退朝后，皇帝单独把吕好问召到宫中小亭。吕好问进谏说：“陛下虽然是在马上平定天下，但朝廷的礼制体统不能废弃。利害得失的议论、兵家隐秘权变之策，应当同近臣秘密商议，不应当在正式朝会中公开宣布。”皇帝赞许并采纳了他的意见。
十月，潘贵妃生下皇女，皇帝十分高兴，赐名“宜佑”。吕好问同东西二府共同上奏，认为皇女诞生又适逢秋季战事获胜，请求颁布赦令，以安定那些心怀疑惧、动摇不定的人。皇帝答应，但同时明确诏告朝廷内外：凡是背叛国家、依附敌军的人，决不在赦免之列。
建炎五年春，吕好问首先倡导“原学”，许多儒者提出质疑。皇帝于是命吕好问的儿子吕本中在宣德楼前陈设器具，让健马从两面牵引铜钵，用来证明“气”的作用确有可验证之处。原学由此广泛流行。皇帝随后下诏终止新旧党争，以原学作为官方学术的根本，杨时等人都辞职退隐。
三月，朝廷推行裁汰冗滥的政策，严格核查太上皇时期滥赐的恩荫。宫中演员表演杂剧，暗中讥刺皇帝不思念幽宗、愍宗。皇帝没有治罪，只把吕好问召到后苑，说裁减冗滥恩典受到很多议论阻挠。吕好问于是提出恩威并用的策略，上奏说：“取消滥授恩典时，应同时重新清理靖康旧事，褒奖追赠有功和死节的大臣；又应逐步补发拖欠百官多年的一半俸禄。”皇帝赞许他的老成持重，全部采纳。
恰逢太行山忠义力量的密札送到，报告敌主吴乞买患有严重眩晕疾病，权臣粘罕专权，敌廷内部出现矛盾。翰林学士李若朴请求暂缓裁汰，以集中力量整备边防。皇帝拒绝，诏令吕好问等更加严格清理恩荫，又命皇城司查办制造流言、挑起争端的人，朝廷内外因而肃然。
四月，敌国使者再次到来，答应归还幽宗、愍宗，并交还京东地区来换取议和。消息公布后，朝廷内外震惊，许多官员产生了暂求休息、苟且安定的想法。御史中丞李光当面上奏，请求姑且允许数年和平，让百姓休养；前任公相李纲也从外地急送书信表示赞同。
皇帝于是召公相吕好问、首相赵鼎等六位执政进入宫中议定。皇帝对他们说：“敌人包藏祸心，不过是拿故土和两位先帝作诱饵。若天下人都想迎回两宫而求和，朕宁可让出帝位，重新设立大元帅府，同敌军决一死战。你们愿意跟随朕吗？”吕好问首先叩头回答：“臣本是负罪之人，蒙陛下不弃，提拔到臣子最高职位。陛下若让位而亲自抗敌，老臣愿摘下官帽、解下印信，不再保留宰相名号，只请求担任大元帅府主簿，誓死追随！”赵鼎、张浚等也都发誓追随。
皇帝又告诉吕好问等人：“天下既然希望迎回二宫，朕自然应当成全这一孝义。可以明确告诉敌使：若要议和，必须先让二宫以及靖康以来被掳的男女军民全部渡过黄河回归；人员未到，不得谈论议和和交还州府。”吕好问等全都叩头奉诏，方针于是确定。
五月，鸿胪卿翟汝文出使敌国返回，报告敌国答应先归还二宫、两位皇后和宗室众人。吕好问追问两位皇后的下落，这才知道愍宗的朱皇后已经在五国城去世，听后沉默不语。随后太学生上书，士大夫舆论喧腾。吕好问于是率领赵鼎、张浚，同内侍蓝珪、陈康伯一起出面安抚，众人才稍稍平静，但朝廷内外仍然惶惑不安。
初夏，敌国废黜伪齐，逮捕刘豫，欺骗朝廷说等幽宗、愍宗回朝以后便归还京东，暗中却派兵阻挡朝廷军队。六月，二宫到达白马津。朝廷内外对于当今皇帝应该用什么礼节迎见两位先帝，大多怀有疑虑和恐惧。吕好问进言说：“两位太上皇帝回朝，礼制尚未完备。应当先派使者前去迎接问候，确定君臣名分。”皇帝赞同，于是派礼部尚书朱胜非前去询问礼仪。幽宗、愍宗辞让皇帝大礼，表示愿意安于逊位身份。
皇帝见到幽宗、愍宗，彼此哭泣，泪水沾湿衣襟。皇帝恳切地说：“朕本来只是代父兄守卫江山，如今父兄已经回朝，自然应当让出帝位！只求恢复大元帅府，为天下抵御敌军！”幽宗、愍宗十分震惊，哀切地坚决劝止。皇帝坚持让位，两位先帝哭泣着拉住他。反复推让之间，皇帝的袍服被扯裂，幞头也被折断。
皇帝想跳上马离去，吕好问叩住马匹进谏，又呼喊韩世忠等将领共同挽留，高声说：“天上没有两个太阳，百姓不能有两个君主！太上皇历尽艰难，从来没有重新取得帝位的想法。如今国家中兴，全靠陛下总揽最高权力。若抛弃宗庙离去，天下必定分裂，敌人必定得志！”赵鼎、张浚等也一同叩拜苦苦劝谏。皇帝流泪责问吕好问：“相公为什么违背从前答应朕的话？”愍宗于是说：“臣愿今天就前往洞霄宫居住。”敌国使者在旁讥笑质问，说朝臣中多有人主张议和。皇帝大怒，当面斥责敌使表面谈和、暗中袭击京东。由此，君臣名分和对敌方针正式确定。
朝廷中主张议和的七十多名官员，当场脱下官帽请求离职。皇帝全部准许，只有对御史中丞李光温言挽留。百官去留确定以后，吕好问请求安排幽宗、愍宗以及各位宗室的居所。皇帝下诏，奉幽宗居住少林达摩堂，愍宗前往洞霄宫；宗室亲王中，信王因立有功劳且尚未归来而免于处分，其余一律降低爵位三级，迁居南阳。万俟卨乘机请求杀白马盟誓，并改年号为绍兴。皇帝认为国家财用正困难，没有同意，只把白马津改名为绍兴津。至此，在位皇帝与二宫之间的君臣名分才正式确定。
建炎五年秋，皇帝设立公阁，用来安置有功旧臣、参与重大政事讨论，任命吕好问居首席。中秋祭祀以前，皇帝怜悯那些姓名未能记录的战死者，听说他们的遗属有些沦落到乐籍，想亲自召见慰问。吕好问认为此事关系国家体统，又担心动摇军心，竭力劝止。皇帝认为他说得对，于是建立无名义烈碑。
议事结束后，吕好问询问赵鼎、张浚等人的年龄，感叹说：“老夫将到七十岁辞官的年纪，诸位也大多接近五十岁。皇上才二十五岁，将帅多数还不到四十岁。朝廷任用我们这些老成大臣，本来是想借我们的持重，压住年轻人的锐气。但近几个月以来，我们是不是持重得过了头？”
吕好问又告诫张浚说：“白马津之事，诸位一心只求保全二宫，竟落入敌人的计谋，这实在是宰执严重失职！枢相是主战大臣之首，应当阐明原学所强调的力量与速度相统一的道理。若只驱使军队向前，而不顾惜民力和粮饷运输，国家必定失去平衡。宰执的职责，在于协调阴阳、调和各种力量；若再使皇上产生退位而居大元帅府的想法，我们即使死一万次也不能赎罪！”赵鼎、张浚等沉默不语。
九月，皇帝同东西二府商议设立新的青苗制度，用来供养御营中被裁撤的士兵以及战死者的孤儿遗属，并商议清查寺观田地来补助经费。吕好问进谏说：“武学子弟如果隶属于皇帝亲军，又负责检查核算，恐怕会形成唐末神策军控制朝政的祸患。”皇帝采纳他的意见，于是设置军计司，隶属户部，任命虞允文专门主管。吕好问又上奏说：“新法应暂时在中原试行，等运转顺利以后，再委托吕颐浩在东南推行。但是市易法绝对不能恢复。”皇帝大多采纳了他的建议。
奏事结束后，吕好问再次请求退休，详细陈述五项理由：“第一是警戒权势：我以蔡京为鉴，不愿在年老之时长期占据大权，以致被天下人指责。第二是研究学问：我想借晚年余下的时光，深入思考原学，完成一家学说。第三是避嫌：我已经位极人臣，担心妨碍儿子们正常仕进，愿意退让，为后辈打开进身道路。第四是观察时机：如今和议已经停止，两位先帝得到安置，伪齐也已消灭，国势大体稳定，正是老臣看清时机、引退的时候。第五是保全君恩：我虽然效忠陛下，但过去也曾蒙受愍宗恩遇。如今亲眼看到两位先帝居住宫观，内心实在难以安定。愿解除机务，也希望陛下始终宽待两位先帝。”
皇帝考虑到他辅佐朝政的功劳，知道他的志向不能改变，于是准许他辞去公相和秘阁实际职务，但命他留在京师。又特别下诏进封为申王，加太师官衔，仍兼任公阁首席一年。
建炎六年初，皇帝准备讨伐夏国。吕好问和群臣担心重蹈从前五路出兵失败的覆辙。在闲暇宴坐、君臣下棋时，吕好问趁机请求稳重行事，告诫不可轻率用兵。皇帝于是告诉他说：“国家事业能够成功，不只取决于祖宗成法，也在于人能随变化作出调整，并从艰难中获得经验。”又感叹说：“即使是朕，如果在靖康年间突然遭逢那样的大变，也未必比父兄做得更好。”于是问吕好问：“以我们今天经历许多事情后的眼光，回看靖康时期的文武官员，难道不会为自己不懂时势变化而惭愧吗？”
吕好问沉默很久，回答：“确实如陛下所说。我每次想到靖康的失败，都深感惭愧流汗。过去若不是亲自经历这些艰难，我到死也不过是一个不懂军事政务的平庸大臣罢了。”此后皇帝先整备粮饷运输，才命诸将进攻，最终平定夏国。这年秋天，下诏准吕好问以太师身份退休，仍留京师，以备皇帝咨询国事。
建炎七年三月，李纲从东南上疏，言辞恳切直率，弹劾张浚结党，并批评扩军政策误国。皇帝只带少量亲近随从，亲自到吕好问府第，把李纲的奏疏给他看，详细说明事情原委。吕好问看完叹息说：“从前我任公相时，国家局势危急，陛下劝我们为了国家彼此忍让，那时不能不忍。如今国势正在强盛，若仍能相互忍让，虽然更加困难，却更能显明陛下的圣德。”
皇帝告诉他说：“李纲是国家拒敌的鲜明旗帜，也是靖康以来的元勋。朕对他只有宽容保护、继续任用之意，从来没有责骂处分的想法。今天之所以感慨，是痛心李纲等旧臣不能理解朕的用意，平白产生猜疑和阻碍罢了。”吕好问回答：“臣身在京城，亲眼看见陛下的作为。即使外面议论纷纷，像三人成虎那样的谣言，也绝不会进入臣的耳中。”
建炎七年冬，皇帝患病深居宫中，数月没有临朝。当时朝廷内外流言纷起，甚至出现议和改政、让幽宗愍宗复位的说法。吕好问率群臣在延和殿奏对，看见皇帝病情正在好转，便上奏说：“陛下静养期间，秘阁负责执行政令，公阁负责纠察，两阁相互制约。虽然天子暂时没有亲自处理政务，但北伐等事务并未废弛，实在是一项良好的制度。”
吕好问又说，不必事事烦劳天子亲自裁决，而各项政务仍能修明，接近上古圣王垂衣拱手、天下自治的理想。于是请求加强公阁的纠察权，使秘阁、公阁与东西二府相互维系，成为固定制度。皇帝随后同执政秘密商议预立储君。太学问政典礼结束以后，吕好问公开向天下说明秘密预立储君的制度：由两府议定储君人选，不公开其姓名；预先写成两份诏书，一份留在皇帝身边，一份密封藏在文德殿屋梁上。如果皇帝不幸去世，接受遗命的重臣共同开启两份诏书，拥立新君。后世沿用这一制度。
建炎九年九月，敌军统帅完颜讹里朵突然去世。皇帝下诏征召申王吕好问回朝。吕好问已经退休三年，到这时奉诏重新担任平章军国重事。皇帝命吕好问同赵鼎、刘汲、张浚、陈规依照旧制总揽军国政务，使东西二府和秘阁、公阁相互配合。
不久，朝廷发动大规模北伐。由于会师日期紧迫，各路大军突然集中，岳台营外发生骚乱，士兵和百姓相互冲突，毁坏房屋、伤害人员。开封尹阎孝忠、枢密副使陈规派兵镇压，但各官署彼此意见不合，变乱不能平息。九月二十五日，皇帝车驾返回，驻在岳台营中，不进入京城，也不治有关官员的罪，只亲自前往祭奠死节者碑。吕好问率数十名群臣出城迎接，请求治罪。皇帝温言慰劳，宽恕他们而不追究。
建炎十年秋，北伐取得决定性胜利，河东、河北和燕云旧有疆土全部重新纳入国家版图。皇帝返回亳州明道宫，商议策定功勋、颁行奖赏，确定功臣位次。吕好问虽然已经七十多岁，又身患疾病，仍勉力率领百官协助完成祭礼。
祭礼结束后，皇帝询问建炎中兴定策功臣中谁应居首。吕好问回答：“凡事必有开端。靖康危难时，如果没有宗泽守卫东京、李纲振作朝廷纲纪，国家命脉早已断绝。这两个人是抵抗敌军的旗帜，功劳巨大，无法用言语衡量。”皇帝于是确定功臣位次，吕好问以申王、公相的身份列在文臣第三。不久，皇帝下诏推行治理黄河、迁都、抑制土地兼并等重大政策，吕好问率百官高呼万岁，发誓遵奉诏令施行。
建炎十一年冬，东京下大雪，吕好问病势沉重。皇帝正在燕京，得知消息后连夜乘马赶回，连铠甲都没有脱，径直前往申王府探视。吕好问进献自己所著的《原学正义》二十卷，请求皇帝亲自作序。
这部书总括原学宗旨，建立四项基本义理：第一，“理存在于万物本原之中，道寄托于具体器物和实践”；第二，“探究事物、获得知识，关键在亲身践行”；第三，“如果能够日日更新，国家命运也会随之更新”；第四，“修养自身、安定人民，最终达到天下太平”。他又进言说：“希望陛下大力振兴文治，以收服天下人心。”皇帝接受了他的意见。一个多月后，吕好问去世，享年七十五岁。
皇帝听到死讯极为悲痛，亲自前往主持治丧，特别给予优厚礼遇，用来酬报吕好问确定国策、开启教化的功劳。下诏尊称他为“启原先师”，在太学建立启原祠，各路州县学校设置他的画像，每年春秋举行释奠礼后再祭祀他，礼仪等同先贤。申王封爵照旧，赐谥号“文成”，按王爵礼制安葬。又下诏建立伊洛学宫，允许学宫自行主管学术事务，并以《原学正义》作为学校官定教材。皇帝亲自为该书作序，说维护原学就是维护中兴事业的根基。绍兴十二年，下诏让吕好问配享圣祖庙庭。
史臣评论说：
君子能够不朽，在于树立德行、建立功业、留下学说。吕氏家族世代继承并发扬美德，申王吕好问又承接这些传统，将它发扬光大。靖康年间，他在国家动荡危急之时接受任命，调和各种议论，辅助君主确定大计；执掌国政以后，能够以稳重压制浮躁意见，以通晓权变解救时局危难，在进退取舍之间不失正道，这是他的德行。
建炎以来，他在淮上为维护祖宗法度而力争，在白马津确定君臣名分，综合新旧政策，协调文武力量，维持中兴局面，使国家从危险重新走向安定，这是他的功业。
然而他最显著的贡献，是倡导原学以确定国家学术和政治方向。他把义理落实到具体事物之中，要求在实践中检验实际效果，纠正空谈的弊病，开辟经世致用的道路，使学术与政事彼此配合，这是他的立言。
吕好问晚年退居，懂得适可而止，因而避免危险；死后学说推行天下，制度也因之形成。他生前封为申王，死后谥号文成，配享于庄严宗庙，难道不是理所当然的吗？
崇宁初年，朝廷追究元祐党人之事，吕好问因为是元祐党人的后代而受到牵连，被停止任用。他先后两次主管东岳庙，又在扬州掌管礼仪方面的事务。当时蔡卞任扬州长官，想要攀附清正之士，因而对吕好问格外优待。吕好问始终以礼自守，不让蔡卞同自己亲近。
等到蔡卞执掌朝政，当年在他属下任职的人大多得到提拔，只有吕好问仍然沉滞不进。蔡卞暗示他说：“你当初稍微亲近我一些，现在早已跻身显要职位了。”吕好问只是笑而不答。政和年间，他遭逢父丧，居丧完全遵守礼制。服丧期满后，他仍未得到官职，便闭门讲学，士大夫舆论更加敬重他。
靖康元年，吕好问因人推荐被召入朝，先后担任左司谏、谏议大夫，又升为御史中丞。愍宗告诉他说：“你是元祐党人的后代，朕特意任用你，是要让天下人知道朕的政治取向。”
此前，幽宗准备传位，曾下诏解除党禁、废除新法，全部恢复祖宗旧制。但蔡京一党的亲属和党羽盘结朝廷内外，阻挠诏令实施，没有人肯认真奉行。吕好问上言：“当时的利害、政事的缺失，太上皇的诏书已经说得十分完备。即使让敢于直言的人上疏逐条论述，也不可能超过这些内容，只希望把诏书中的措施一一实行罢了。”他又说：“陛下早起晚睡，表现出求治的愿望；发布号令，也都是求治的话。可是到现在已经半年，治理成效仍然十分遥远，实在是因为陛下身边和朝廷内外的官员，不能推广您的德意，而陛下又过分宽容姑息。我担心淳厚的德性会变成软弱颓靡。况且如今若不彻底革除蔡京、童贯等人的弊政，太平便无从实现。”愍宗采纳了他的意见。
吕好问上疏列举蔡京的罪恶，请求把他流放到化外之地，并贬斥依附蔡京最严重的人，以警戒其余党羽；又请求削去王安石的王爵，纠正神宗庙庭配享的安排，褒扬元祐、元符年间遭受贬谪的群臣，废除青苗法令，前后共上疏十次。每当他入朝奏对，即使皇帝正在吃饭，也总让他说完。
当时敌军已经退去，大臣们安然自处，不再准备防御，军备更加松弛。吕好问上言：“敌军这次达到目的以后，会更加轻视中原，秋冬时节必定会倾全国之力再次进犯。抵御敌人的准备，应当立即筹划。如今边防事务已经筹议了十多天，却看不到任何实际部署；臣僚的奏请也都不下发执行，这是我最为忧惧的事情。”
等到边境警报紧急，大臣们不知如何应对，只派使者求和。敌军表面答应议和，实际上仍照常攻城掠地；各路将领因为朝廷正在议和，全都关闭营垒，不敢出战。吕好问又上言：“敌军名义上求和，实际上却在进攻；朝廷为什么不筹划出兵、派遣将领呢？请立即集结沧州、滑州、邢州、相州的守军，阻挡敌军突进；并把各地勤王军队部署在京畿州县，保卫京城。”奏疏呈上后，没有得到省察和答复。
敌军攻陷真定，进攻中山，朝廷上下惊恐震动。廷臣彼此观望，无法作出决断，仍然以议和为借口。吕好问率领御史台属官弹劾大臣怯懦误国，因此被调出京城，任袁州知州。愍宗怜惜他的忠诚，只把他改任为吏部侍郎。后来敌军逼近都城，愍宗这才想起他先前的意见，提升他为兵部尚书。
都城失守后，朝廷召吕好问进入宫中。数万军民手持斧头进攻左掖门，要求面见皇帝，吕好问陪同皇帝登楼，向众人说明情况，劝他们散去。卫士长蒋宣率领数百名部下，想保护皇帝冒着重围冲出城去，左右侍从纷纷逃散，只有吕好问、孙傅、梅执礼留在皇帝身边。
蒋宣高声斥责宰相误国，言语中又攻击孙傅。吕好问开导他说：“你们忘却自身家族的安危，想冒着敌军重围保护皇帝出城，确实是忠义之举。但皇帝将要起驾，必须车辆、仪仗、武备和护卫全都完备以后才能行动，怎么可以轻率呢？”蒋宣心服口服地说：“尚书确实懂得军情。”于是挥手让部下退去。
愍宗第二次前往敌军营中，吕好问实际随行。皇帝被敌军扣留以后，敌人让吕好问返回，安抚都城中的人心。不久，敌军拥立张邦昌，任命吕好问为事务官。张邦昌进入都堂办公，吕好问对他说：“相公是真的想登上帝位吗？还是暂且满足敌人的要求，日后再想办法呢？”
张邦昌说：“这是什么话！”吕好问说：“相公知道中原人心归向何处吗？人们现在不过是畏惧女真人的兵威罢了。女真人一旦离去，相公还能保证继续保持今天的局面吗？大元帅在外，元祐皇太后在内，这大概正是天意所在。为什么不赶快归还政权，使祸患转化为福运？况且都堂不是臣子可以作为宫殿居住的地方，应当暂住值宿官员所用的殿庐，不要让卫士排列在宫殿台阶两旁。敌军留下的袍服和腰带，只要女真人不在旁边，千万不要穿戴。皇帝车驾尚未返回，你发布的文书不应称为‘圣旨’。”张邦昌于是让吕好问代理门下省事务。吕好问虽然署写了这个代理官衔，但办理一切公事时仍使用原来的官职名义。
当时张邦昌虽然没有另立年号，但各官署的公文大多删去了“靖康”年号，只有吕好问办理的文书仍写“靖康二年”。吴幵、莫俦请求张邦昌在紫宸殿、垂拱殿接见敌国使者。吕好问说：“宫中和官署里的旧臣突然看见张邦昌坐在正式朝殿上接见使者，必定会惊愤，随时可能发生变乱，怎么办呢？”张邦昌惊惧地停止了这一安排。王时雍提议大赦天下，吕好问说：“京城四壁以外都不归我们控制，还能赦免谁呢？”于是只在城中实行赦免。
起初，敌军计划派五千骑兵袭击并擒获康王。吕好问得知后，立即派人送信报告康王，说：“若大王估量您的军队可以交战，就拦击敌军；若不能，就应当远远避开。”又说：“大王如果不自行即位，恐怕会有不应当即位的人登上帝位。”随后他又对张邦昌说：“天命和人心都归向大元帅。相公若首先派人拥戴他，那么功劳没有谁能超过相公；若到关键时刻仍不行动，别人仗义起兵讨伐，后悔还来得及吗？”于是张邦昌派谢克家捧着传国宝玺前往大元帅府，但要等敌军撤退后才出发。
敌军准备北返时，商议留下军队保护张邦昌。吕好问说：“南北气候环境不同，恐怕北方士兵不适应这里的风土，必定不能相安。”敌军说：“留下一个勃堇统领他们即可。”吕好问说：“勃堇是贵人，万一也不适应这里的风土，在此患病，我们的罪责就更重了。”敌军于是没有留下军队。敌军撤走以后，吕好问催促张邦昌立即派使者前往大元帅府劝进，请元祐皇太后临朝听政，张邦昌改穿臣服，回到太宰的职位。太后从延福宫入朝听政，朝廷内外才开始安定。
圣祖即位以后，元祐太后派吕好问带着亲笔书信前往皇帝驻地。皇帝慰劳他说：“宗庙社稷能够保全，是你的功劳。”于是任命他为尚书右丞。丞相李纲认为围城期间许多官员不能坚守节义，想全部追究其罪责。吕好问说：“王业正在艰难建立之时，政治上应当暂时包容污点；若一概用严厉法律约束，恐惧的人就太多了。”
侍御史王宾弹劾吕好问曾在伪政权文书上署名，不可在新朝任高官。皇帝说：“张邦昌刚僭号时，吕好问便招募人员送信，把京城内外的情况详细报告给朕；敌军刚撤退，他又派人来劝进。考察他的内心和实际行为，不能同其他人相提并论。”吕好问竭力请求致仕，又说：“张邦昌僭号时，我若闭门不出，保持个人清白，实在并不困难。只因我家世代蒙受国恩，不敢只顾保全自己，所以才冒着包围送信给陛下。”奏疏呈上后，皇帝授予他资政殿学士，任宣州知州，并让他提举洞霄宫，以恩典封为东莱郡侯。
当时道路多被阻断，又赶上皇帝身体不适，吕好问没有立即前往宣州。不久，他入朝奏对。皇帝询问中原防守方略，吕好问回答：“河北缺少兵器，中原有许多溃散军队，抵御敌人应当使用江南的财赋和西北的兵马。”于是叩头请求皇帝前往扬州。皇帝采纳他的计策，再次任命他为尚书右丞。
几天后，张浚在朝会上弹劾康履和黄潜善。康履将被处死时，言语十分傲慢无礼，吕好问厉声斥责说：“你为什么如此狂妄悖逆！”不久，杨沂中在朝堂上斩杀康履，吕好问沉默不语。到九月，李纲尚未返回，吕好问以尚书右丞的身份代理东府宰相事务。
建炎元年十一月，敌军骑兵更加逼近，皇帝前往颍州。驻跸顺昌时，吕好问率领汪伯彦、张浚和百官走出班列，叩头请求皇帝前往扬州，以凭借江淮的险要地势。皇帝作出安排，下诏让百官中的老弱及家属前往扬州，自己则亲临淮河前线。
不久，吕好问升任尚书左丞，留在皇帝驻地随行，总领处理各项政务。十二月末，刘光世部下的溃兵到达下蔡，焚烧渡口。皇帝大怒，想杀死刘光世。吕好问和张浚一同上前阻止，急切地高呼说：“可以先夺去他的兵权，再慢慢治罪！陛下怎么能亲手杀死太尉！祖宗法度到哪里去了！”皇帝不听，亲自在朝堂上斩杀刘光世。
随后溃兵鼓噪索取赏赐，吕好问请求立即打开寿州、顺昌的左藏库，普遍赏赐各军，以安定军心。过了两天，皇帝又亲手杀死了胁迫朝廷索赏的乱兵。吕好问眼泪不断流下，对御史中丞张浚说：“祖宗家法，是天下秩序的根本，怎么能够轻易抛弃！”
除夕举行盛大宴会，吕好问认为强敌就在面前，上奏请求停止宴饮。皇帝亲自送他回住所。吕好问看见皇帝收紧衣袖、解下腰带，知道皇帝里面穿着铠甲，便指着自己的幞头叹息说：“只是我这颗戴着文官帽子的头不合时宜罢了。”
建炎二年正月初四，完颜兀术派时文彬送来书信，出言傲慢辱骂，并说幽宗、愍宗已被敌国授予侮辱性的伪号。群臣放声痛哭，皇帝下旨，用群臣当年只知哭董卓而不能讨贼的旧事讥讽他们，吕好问首先退出朝堂。不久，皇帝召集东西二府的重臣，推翻先前的议论，决定拒敌五策，并立誓说：“土地不分南北，都应当死战！胆敢再主张议和的人，必定罢免贬黜！”吕好问低头领受诏命，随即在皇帝驻地督促中书舍人起草诏书，颁告朝廷内外。
正月初六，敌军急忙架设浮桥，准备渡过淮河。吕好问见朝廷大军仍未行动，请求颁发金牌催促出战。皇帝命人赐茶、设座，让吕好问同自己一起观看军队作战。此后，朝廷军队先后在下蔡、缩头滩取胜，敌军于是撤退。皇帝商议叙录将帅的功劳，吕好问请求说：“淮河前线已经取胜，朝廷抵抗敌军的决心也已经表明。但是天子尊贵，事关社稷，不宜亲自犯险。扬州背靠长江天险，又便于东南漕运，请立即移驾那里。”皇帝没有接受，最终决定前往南阳。
二月下旬，皇帝向西前往汝水口。当时盗贼丁进聚集三万人驻扎朱皋，借口说要迎接皇帝车驾。吕好问请求暂且宽容安抚他们，提出三条理由：第一，皇帝驻地正急于赶往南阳，不宜在途中开启战端；第二，敌众我寡，若立即依法严办，恐怕会激成变乱；第三，各地聚集着许多盗贼，应当广泛开放招安自新的道路。皇帝采纳他的奏议，但仍召韩世忠、王德秘密商议处置办法。
三月初，敌将完颜银术可攻破武关，汝阳一带大为震动。吕好问等人因为银术可曾擒获辽国君主，叩头进谏说：“敌势正盛，请皇帝车驾退往光州；或者迅速颁下金牌，急召韩世忠、王德入援！”皇帝斥责这一主张，坚决拒绝避敌迁徙，并下令文臣不得参与守城军事。不久，皇帝穿着红色战袍出城督战，留下吕好问、许景衡等人在城内留守。第二天，翟冲击败敌将耶律马五，汝阳之围才解除。
三月中旬，皇帝驻地到达方城山。皇帝在野外大会群臣，废除三衙，把军队指挥权归于枢密院。吕好问正式拜为首相，合并四省为都省，让他独自统领东府政务。从此，东府政务归都省，军事归枢密院，中央权力系统才开始统一。
进入南阳行宫以后，皇帝在御榻上留下五份手札，把土断、军婚等重大政务分别交给各位宰相。吕好问主管军婚、官员铨选等事务。恰逢外界议论后宫人数空虚，吕好问主张选取良家女子充实后苑，因此遭到“替皇帝选择美色”的讥评。皇帝便把这些女子全部遣出，并下严旨为吕好问申明保护。吕好问又协助制定吏员转为官员的制度，以补充朝廷缺员；还兼管火药制造。
四月，皇帝亲征叛将范琼，收复襄阳后班师。吕好问率百官到郊外迎接皇帝。恰逢吕好问和太常卿汪叔詹推荐方士，试验点化黄金白银的法术。皇帝识破其虚妄，命人把器具沉入白河，吕好问这才停止。
十一月，敌军围攻南阳，长久不能攻下，行在军民士气大振。吕好问奏请皇帝登城慰劳军队，厚赏有特殊功劳的人，以显示恩德和威严。皇帝引用愍宗时的旧事说：“从前宫女编织护颈的暖具赏给军士，士卒虽然感动流泪，但因为缺少冬衣和石炭，终究不能抵御严寒，仍旧逃散。”吕好问叩头请罪，皇帝没有追究。
十二月，朝廷商议留守主帅和派兵救援韩世忠，众人认为岳飞资历浅，难以使其他将领服从。吕好问上奏说：“岳飞资历浅，可以让开封尹杜充作为宗泽的副手，在名义上统领军队，而实际上让岳飞领兵南下。”他并且赞同立即援救韩世忠的决策。
建炎三年正月，杜充的儿子杜岩归来，朝廷得到杜充暗中勾结敌军的证据。初九，皇帝在行宫木桩林秘密召见吕好问。吕好问奉受密旨，掩护皇帝车驾离开。皇帝到达鄢陵后，随即夺取杜充所部军队，其后朝廷军队在长社取胜，敌军骑兵逃走。正月十五日，皇帝返回东京，当夜宗泽去世。
二月二十三日，皇帝前往河阴举行大规模阅兵，吕好问率百官迎驾。皇帝下诏都省追封宗泽为东阳郡王，赐谥号“忠武”，并确定韩世忠、陈规、岳飞等人的奖赏典礼。吕好问奏称诏书草稿已经拟好。皇帝举行大阅兵时，下诏让御营中实际统兵的三十六名将领在河阴盟誓，以讨伐敌军、遵守法令为约束。吕好问保持沉默，没有提出异议。
建炎三年春，皇帝迁回旧都。恰逢江宁军乱还没有平定，扬州受到震扰，皇太子因惊吓患病去世。吕好问首先倡议由宰执联名弹劾，认为李纲身负平章军国重事之任，却在护卫皇嗣方面失职，若不加责罚，无法平息朝廷议论。皇帝于是罢免李纲，让他出任太平州知州。
此后，敌军首领提出议和，答应归还两位公主，朝廷内外不少人产生了暂求休息、苟且安定的念头。吕好问认为议和是敌人的计谋，淮上誓言拒敌的国策不可改变，京城士民也都希望朝廷坚持到底。皇帝严肃拒绝和议，表示敌国必须先归还太原、陕北，并送回叛国逆臣，之后才可谈判。吕好问又代表群臣请求明确朝廷坚持的底线。皇帝决断说：“必须等到彻底覆灭敌国朝廷，扫平它的巢穴；除此以外，没有第二种方针！”
四月，伪齐刘豫发布檄文诋毁皇帝，又借祭祀先师来张扬伪政权的名号。皇帝想下罪己诏。吕好问在朝廷上伏地，请求先治自己的罪。他自我陈述说：“我过去蒙愍宗破格提拔，先后任职吏部、兵部，却拘泥于党争议论，临事不懂军事，导致都城毁坏、两位皇帝被迫北行；当时我正任兵部副长官，罪责没有比这更大的了。靖康灾难形成、张邦昌僭号时，我作为儒臣不能以死守节，反而同他周旋，志向节操不够分明，依照法律应当处死。建炎初年，我又不理解陛下坚决抗敌的志向，多次提出退避的主张。陛下若一定要颁罪己诏，不如先诛杀我这个罪臣，以端正朝纲！”皇帝于是停止下罪己诏，并命令宰相、执政和近臣不得擅自在朝廷上跪伏请罪。
五月，高丽派金富轼前来朝见。皇帝起初拒绝接见，吕好问入宫进谏说：“高丽虽然不足以依靠来抵抗敌国，但它同中原通商一向密切。自靖康以来，齐鲁沿海许多港口落入敌手，海上道路阻断，双方贸易日渐衰微。如今应当接见使者，以表明朝廷重新沟通海道、招徕商贸的意图，或许能够补助国家财政。”皇帝听从，于是接见金富轼，恢复两国之间的互市贸易。
六月，皇帝身体不适，驻跸登封。吕好问奉诏担任副使，前往洛阳八陵朝拜祭告，中途又觐见皇帝。皇帝询问河北流民把妻女典押、雇卖给他人的问题。吕好问回答：“官府拿出公库钱财，赎回御营军人的家属，以振奋士气，我认为可行。但若立即用法律命令全部废除典雇制度，恐怕会造成更大阻碍。河北流民有许多人卖身到淮南、荆襄和东南各地，各路豪强大户未必都能体谅国家艰难。突然改变旧有规则，恐怕会引起纷争。”
吕好问于是提出折衷办法，授予散阶或学校入学资格，奖励那些自愿释放流民的富户。皇帝进一步推广他的意见，恰逢特别开设恩科，便规定出钱释放流民的人可以补入州学或太学，同时把这一奖励推广到有功的士子和州县胥吏。吕好问奉诏同许景衡共同主管此事，限期在中秋以前议定办法。
皇帝引用神宗朝文彦博“与士大夫共同治理天下，不是与百姓共同治理天下”的话询问吕好问。吕好问回答说：“文潞公这句话失去了根本。孟子说，民众最为贵重，国家社稷其次，君主较轻。士大夫也出自百姓，天子是为了天下人而治理天下，不只是同士大夫共同治理。”吕好问又评论新学说：“新学只崇尚事功利益，在天理道德方面有所欠缺。”皇帝说：“功利和道德，都不可偏废。”吕好问沉默不答。
八月，皇帝在集英殿亲自策问贡士，赐六百名太学生进士及第。皇帝亲笔题写试题，忽然停笔问吕好问：“这次考试中，也有地方上政绩优良的官吏和通晓经书的武臣一同应试吗？”吕好问回答：“有。”皇帝便立即在殿中增设座位，下诏让御营前军都统制岳飞等武臣一同参加廷试。吕好问表示赞同，百官也没有异议，武臣于是获得参加廷试的资格。从此，本朝文臣和武臣之间的界限稍有松动。
秋季敌军可能南侵的时期将要到来，吕好问在都省召集宰相、执政商议，共同上疏说防秋事务紧急，请求依照南阳时的旧例，恢复宰执进入宫中值宿的制度。皇帝认为东西二府大臣劳苦，起初没有同意。中秋这天，吕好问再次上疏，认为京城军务繁重、枢密院官员有空缺，推荐兵部尚书兼开封尹陈规进入西府。皇帝采纳，任命陈规为签书枢密院事，并下诏恢复宰执轮流在宫中夜间值宿的制度。
当晚，都省下令全城戒严，准许老弱妇女南下投奔亲属，禁止壮丁和军人家属擅自出城，也禁止私自携带军用储备。随后又把两府办公地点迁入宫中的崇文院，吕好问等宰执依次轮值住宿，以便随时接受皇帝询问。
十一月，朝廷内外请求正式册立皇后，以振奋人心。皇帝因为敌寇尚未平定，又仍怀念邢皇后，推辞不肯。皇帝私下告诉吕好问等人：“现在若立皇后，将来皇位继承人从哪里产生？若有妃嫔因生子而尊贵，又该如何确定名分？恐怕会滋生事端。”吕好问于是同各位宰相制定两位贵妃并立、暂不册立皇后的制度。
建炎四年二月，江州知州韩肖胄上言，请求在河南大规模兴办屯田，供应军粮；又自请出使敌国，迎接幽宗、愍宗以及宗室近臣归来。皇帝把这些建议交给东西二府公开讨论。吕好问认为屯田正切合当前需要；至于派遣使者一事，他一时尚未作出决定。殿中侍御史万俟卨上奏说，敌势尚未衰弱，这一行动必定会被敌人用来诱导朝廷议和，使朝廷陷入忠孝大义两难的境地。
朝议正相持不下，皇帝忽然拿出兀术的密信，信中说敌国愿意不提出任何条件，归还韦太后和各位公主。事情涉及迎奉太后南归，群臣沉默不敢说话。只有吕好问上奏说：“迎奉太后，是孝道大义，不能违背。我认为应当让韩肖胄北上：一来保全孝道，二来昭告黄河两岸，使沦陷地区的百姓知道朝廷从未抛弃北方土地。”皇帝十分赞同，于是决定派遣使者北上。
当时敌军表面上以归还太后为诱饵，暗中却派重兵突然进逼关中。皇帝锐意亲征，吕好问率百官叩击宜佑门，哭泣进谏说：“天下安危系在陛下一人身上，陛下万万不可轻易经受风霜、踏入不可预测的危险！”皇帝不听，握着吕好问的手发誓说：“朕誓死抵抗敌军，决不会成为石敬瑭！但相公今天应当效法冯道，千万不可效法诸葛武侯！”又援引后晋高祖托孤的旧事告诉群臣：“朕今日托付国家，心情如同后晋高祖。五代乱世中，冯道不顾个人虚名而保全宗庙社稷，不是拘泥成见的儒生所能理解。吕相公应以宗庙社稷为重，不要因个人名节妨害国家大计。”吕好问听后沉默。
皇帝又对他说：“这次出征若朕遭遇不幸，即使潘妃生下皇子，相公也应依据‘国家需要年长君主’的原则，从大宗正司所统宗室子弟中选择年长者即位。大局安定后，应立即召李纲复相，把军事委托给岳飞、韩世忠、张荣、吴彦仙四将。朕的妻子儿女应迁往东南，交给闲散宗室照管，不许他们干预政事。如此，国家仍可恢复！”吕好问哭泣叩拜，接受遗命，从此不再进谏阻止亲征。
尧山战役取胜以后，皇帝从关西班师。当时中央执政格局发生变化，汪伯彦为国战死，许景衡辞职离开，吕好问于是升任平章军国重事，班位高于百官。
九月，皇帝在文德殿大会百官，询问高丽使者郑知常所陈之事，以及敌将粘罕南侵大名府的军情。退朝后，皇帝单独把吕好问召到宫中小亭。吕好问进谏说：“陛下虽然是在马上平定天下，但朝廷的礼制体统不能废弃。利害得失的议论、兵家隐秘权变之策，应当同近臣秘密商议，不应当在正式朝会中公开宣布。”皇帝赞许并采纳了他的意见。
十月，潘贵妃生下皇女，皇帝十分高兴，赐名“宜佑”。吕好问同东西二府共同上奏，认为皇女诞生又适逢秋季战事获胜，请求颁布赦令，以安定那些心怀疑惧、动摇不定的人。皇帝答应，但同时明确诏告朝廷内外：凡是背叛国家、依附敌军的人，决不在赦免之列。
建炎五年春，吕好问首先倡导“原学”，许多儒者提出质疑。皇帝于是命吕好问的儿子吕本中在宣德楼前陈设器具，让健马从两面牵引铜钵，用来证明“气”的作用确有可验证之处。原学由此广泛流行。皇帝随后下诏终止新旧党争，以原学作为官方学术的根本，杨时等人都辞职退隐。
三月，朝廷推行裁汰冗滥的政策，严格核查太上皇时期滥赐的恩荫。宫中演员表演杂剧，暗中讥刺皇帝不思念幽宗、愍宗。皇帝没有治罪，只把吕好问召到后苑，说裁减冗滥恩典受到很多议论阻挠。吕好问于是提出恩威并用的策略，上奏说：“取消滥授恩典时，应同时重新清理靖康旧事，褒奖追赠有功和死节的大臣；又应逐步补发拖欠百官多年的一半俸禄。”皇帝赞许他的老成持重，全部采纳。
恰逢太行山忠义力量的密札送到，报告敌主吴乞买患有严重眩晕疾病，权臣粘罕专权，敌廷内部出现矛盾。翰林学士李若朴请求暂缓裁汰，以集中力量整备边防。皇帝拒绝，诏令吕好问等更加严格清理恩荫，又命皇城司查办制造流言、挑起争端的人，朝廷内外因而肃然。
四月，敌国使者再次到来，答应归还幽宗、愍宗，并交还京东地区来换取议和。消息公布后，朝廷内外震惊，许多官员产生了暂求休息、苟且安定的想法。御史中丞李光当面上奏，请求姑且允许数年和平，让百姓休养；前任公相李纲也从外地急送书信表示赞同。
皇帝于是召公相吕好问、首相赵鼎等六位执政进入宫中议定。皇帝对他们说：“敌人包藏祸心，不过是拿故土和两位先帝作诱饵。若天下人都想迎回两宫而求和，朕宁可让出帝位，重新设立大元帅府，同敌军决一死战。你们愿意跟随朕吗？”吕好问首先叩头回答：“臣本是负罪之人，蒙陛下不弃，提拔到臣子最高职位。陛下若让位而亲自抗敌，老臣愿摘下官帽、解下印信，不再保留宰相名号，只请求担任大元帅府主簿，誓死追随！”赵鼎、张浚等也都发誓追随。
皇帝又告诉吕好问等人：“天下既然希望迎回二宫，朕自然应当成全这一孝义。可以明确告诉敌使：若要议和，必须先让二宫以及靖康以来被掳的男女军民全部渡过黄河回归；人员未到，不得谈论议和和交还州府。”吕好问等全都叩头奉诏，方针于是确定。
五月，鸿胪卿翟汝文出使敌国返回，报告敌国答应先归还二宫、两位皇后和宗室众人。吕好问追问两位皇后的下落，这才知道愍宗的朱皇后已经在五国城去世，听后沉默不语。随后太学生上书，士大夫舆论喧腾。吕好问于是率领赵鼎、张浚，同内侍蓝珪、陈康伯一起出面安抚，众人才稍稍平静，但朝廷内外仍然惶惑不安。
初夏，敌国废黜伪齐，逮捕刘豫，欺骗朝廷说等幽宗、愍宗回朝以后便归还京东，暗中却派兵阻挡朝廷军队。六月，二宫到达白马津。朝廷内外对于当今皇帝应该用什么礼节迎见两位先帝，大多怀有疑虑和恐惧。吕好问进言说：“两位太上皇帝回朝，礼制尚未完备。应当先派使者前去迎接问候，确定君臣名分。”皇帝赞同，于是派礼部尚书朱胜非前去询问礼仪。幽宗、愍宗辞让皇帝大礼，表示愿意安于逊位身份。
皇帝见到幽宗、愍宗，彼此哭泣，泪水沾湿衣襟。皇帝恳切地说：“朕本来只是代父兄守卫江山，如今父兄已经回朝，自然应当让出帝位！只求恢复大元帅府，为天下抵御敌军！”幽宗、愍宗十分震惊，哀切地坚决劝止。皇帝坚持让位，两位先帝哭泣着拉住他。反复推让之间，皇帝的袍服被扯裂，幞头也被折断。
皇帝想跳上马离去，吕好问叩住马匹进谏，又呼喊韩世忠等将领共同挽留，高声说：“天上没有两个太阳，百姓不能有两个君主！太上皇历尽艰难，从来没有重新取得帝位的想法。如今国家中兴，全靠陛下总揽最高权力。若抛弃宗庙离去，天下必定分裂，敌人必定得志！”赵鼎、张浚等也一同叩拜苦苦劝谏。皇帝流泪责问吕好问：“相公为什么违背从前答应朕的话？”愍宗于是说：“臣愿今天就前往洞霄宫居住。”敌国使者在旁讥笑质问，说朝臣中多有人主张议和。皇帝大怒，当面斥责敌使表面谈和、暗中袭击京东。由此，君臣名分和对敌方针正式确定。
朝廷中主张议和的七十多名官员，当场脱下官帽请求离职。皇帝全部准许，只有对御史中丞李光温言挽留。百官去留确定以后，吕好问请求安排幽宗、愍宗以及各位宗室的居所。皇帝下诏，奉幽宗居住少林达摩堂，愍宗前往洞霄宫；宗室亲王中，信王因立有功劳且尚未归来而免于处分，其余一律降低爵位三级，迁居南阳。万俟卨乘机请求杀白马盟誓，并改年号为绍兴。皇帝认为国家财用正困难，没有同意，只把白马津改名为绍兴津。至此，在位皇帝与二宫之间的君臣名分才正式确定。
建炎五年秋，皇帝设立公阁，用来安置有功旧臣、参与重大政事讨论，任命吕好问居首席。中秋祭祀以前，皇帝怜悯那些姓名未能记录的战死者，听说他们的遗属有些沦落到乐籍，想亲自召见慰问。吕好问认为此事关系国家体统，又担心动摇军心，竭力劝止。皇帝认为他说得对，于是建立无名义烈碑。
议事结束后，吕好问询问赵鼎、张浚等人的年龄，感叹说：“老夫将到七十岁辞官的年纪，诸位也大多接近五十岁。皇上才二十五岁，将帅多数还不到四十岁。朝廷任用我们这些老成大臣，本来是想借我们的持重，压住年轻人的锐气。但近几个月以来，我们是不是持重得过了头？”
吕好问又告诫张浚说：“白马津之事，诸位一心只求保全二宫，竟落入敌人的计谋，这实在是宰执严重失职！枢相是主战大臣之首，应当阐明原学所强调的力量与速度相统一的道理。若只驱使军队向前，而不顾惜民力和粮饷运输，国家必定失去平衡。宰执的职责，在于协调阴阳、调和各种力量；若再使皇上产生退位而居大元帅府的想法，我们即使死一万次也不能赎罪！”赵鼎、张浚等沉默不语。
九月，皇帝同东西二府商议设立新的青苗制度，用来供养御营中被裁撤的士兵以及战死者的孤儿遗属，并商议清查寺观田地来补助经费。吕好问进谏说：“武学子弟如果隶属于皇帝亲军，又负责检查核算，恐怕会形成唐末神策军控制朝政的祸患。”皇帝采纳他的意见，于是设置军计司，隶属户部，任命虞允文专门主管。吕好问又上奏说：“新法应暂时在中原试行，等运转顺利以后，再委托吕颐浩在东南推行。但是市易法绝对不能恢复。”皇帝大多采纳了他的建议。
奏事结束后，吕好问再次请求退休，详细陈述五项理由：“第一是警戒权势：我以蔡京为鉴，不愿在年老之时长期占据大权，以致被天下人指责。第二是研究学问：我想借晚年余下的时光，深入思考原学，完成一家学说。第三是避嫌：我已经位极人臣，担心妨碍儿子们正常仕进，愿意退让，为后辈打开进身道路。第四是观察时机：如今和议已经停止，两位先帝得到安置，伪齐也已消灭，国势大体稳定，正是老臣看清时机、引退的时候。第五是保全君恩：我虽然效忠陛下，但过去也曾蒙受愍宗恩遇。如今亲眼看到两位先帝居住宫观，内心实在难以安定。愿解除机务，也希望陛下始终宽待两位先帝。”
皇帝考虑到他辅佐朝政的功劳，知道他的志向不能改变，于是准许他辞去公相和秘阁实际职务，但命他留在京师。又特别下诏进封为申王，加太师官衔，仍兼任公阁首席一年。
建炎六年初，皇帝准备讨伐夏国。吕好问和群臣担心重蹈从前五路出兵失败的覆辙。在闲暇宴坐、君臣下棋时，吕好问趁机请求稳重行事，告诫不可轻率用兵。皇帝于是告诉他说：“国家事业能够成功，不只取决于祖宗成法，也在于人能随变化作出调整，并从艰难中获得经验。”又感叹说：“即使是朕，如果在靖康年间突然遭逢那样的大变，也未必比父兄做得更好。”于是问吕好问：“以我们今天经历许多事情后的眼光，回看靖康时期的文武官员，难道不会为自己不懂时势变化而惭愧吗？”
吕好问沉默很久，回答：“确实如陛下所说。我每次想到靖康的失败，都深感惭愧流汗。过去若不是亲自经历这些艰难，我到死也不过是一个不懂军事政务的平庸大臣罢了。”此后皇帝先整备粮饷运输，才命诸将进攻，最终平定夏国。这年秋天，下诏准吕好问以太师身份退休，仍留京师，以备皇帝咨询国事。
建炎七年三月，李纲从东南上疏，言辞恳切直率，弹劾张浚结党，并批评扩军政策误国。皇帝只带少量亲近随从，亲自到吕好问府第，把李纲的奏疏给他看，详细说明事情原委。吕好问看完叹息说：“从前我任公相时，国家局势危急，陛下劝我们为了国家彼此忍让，那时不能不忍。如今国势正在强盛，若仍能相互忍让，虽然更加困难，却更能显明陛下的圣德。”
皇帝告诉他说：“李纲是国家拒敌的鲜明旗帜，也是靖康以来的元勋。朕对他只有宽容保护、继续任用之意，从来没有责骂处分的想法。今天之所以感慨，是痛心李纲等旧臣不能理解朕的用意，平白产生猜疑和阻碍罢了。”吕好问回答：“臣身在京城，亲眼看见陛下的作为。即使外面议论纷纷，像三人成虎那样的谣言，也绝不会进入臣的耳中。”
建炎七年冬，皇帝患病深居宫中，数月没有临朝。当时朝廷内外流言纷起，甚至出现议和改政、让幽宗愍宗复位的说法。吕好问率群臣在延和殿奏对，看见皇帝病情正在好转，便上奏说：“陛下静养期间，秘阁负责执行政令，公阁负责纠察，两阁相互制约。虽然天子暂时没有亲自处理政务，但北伐等事务并未废弛，实在是一项良好的制度。”
吕好问又说，不必事事烦劳天子亲自裁决，而各项政务仍能修明，接近上古圣王垂衣拱手、天下自治的理想。于是请求加强公阁的纠察权，使秘阁、公阁与东西二府相互维系，成为固定制度。皇帝随后同执政秘密商议预立储君。太学问政典礼结束以后，吕好问公开向天下说明秘密预立储君的制度：由两府议定储君人选，不公开其姓名；预先写成两份诏书，一份留在皇帝身边，一份密封藏在文德殿屋梁上。如果皇帝不幸去世，接受遗命的重臣共同开启两份诏书，拥立新君。后世沿用这一制度。
建炎九年九月，敌军统帅完颜讹里朵突然去世。皇帝下诏征召申王吕好问回朝。吕好问已经退休三年，到这时奉诏重新担任平章军国重事。皇帝命吕好问同赵鼎、刘汲、张浚、陈规依照旧制总揽军国政务，使东西二府和秘阁、公阁相互配合。
不久，朝廷发动大规模北伐。由于会师日期紧迫，各路大军突然集中，岳台营外发生骚乱，士兵和百姓相互冲突，毁坏房屋、伤害人员。开封尹阎孝忠、枢密副使陈规派兵镇压，但各官署彼此意见不合，变乱不能平息。九月二十五日，皇帝车驾返回，驻在岳台营中，不进入京城，也不治有关官员的罪，只亲自前往祭奠死节者碑。吕好问率数十名群臣出城迎接，请求治罪。皇帝温言慰劳，宽恕他们而不追究。
建炎十年秋，北伐取得决定性胜利，河东、河北和燕云旧有疆土全部重新纳入国家版图。皇帝返回亳州明道宫，商议策定功勋、颁行奖赏，确定功臣位次。吕好问虽然已经七十多岁，又身患疾病，仍勉力率领百官协助完成祭礼。
祭礼结束后，皇帝询问建炎中兴定策功臣中谁应居首。吕好问回答：“凡事必有开端。靖康危难时，如果没有宗泽守卫东京、李纲振作朝廷纲纪，国家命脉早已断绝。这两个人是抵抗敌军的旗帜，功劳巨大，无法用言语衡量。”皇帝于是确定功臣位次，吕好问以申王、公相的身份列在文臣第三。不久，皇帝下诏推行治理黄河、迁都、抑制土地兼并等重大政策，吕好问率百官高呼万岁，发誓遵奉诏令施行。
建炎十一年冬，东京下大雪，吕好问病势沉重。皇帝正在燕京，得知消息后连夜乘马赶回，连铠甲都没有脱，径直前往申王府探视。吕好问进献自己所著的《原学正义》二十卷，请求皇帝亲自作序。
这部书总括原学宗旨，建立四项基本义理：第一，“理存在于万物本原之中，道寄托于具体器物和实践”；第二，“探究事物、获得知识，关键在亲身践行”；第三，“如果能够日日更新，国家命运也会随之更新”；第四，“修养自身、安定人民，最终达到天下太平”。他又进言说：“希望陛下大力振兴文治，以收服天下人心。”皇帝接受了他的意见。一个多月后，吕好问去世，享年七十五岁。
皇帝听到死讯极为悲痛，亲自前往主持治丧，特别给予优厚礼遇，用来酬报吕好问确定国策、开启教化的功劳。下诏尊称他为“启原先师”，在太学建立启原祠，各路州县学校设置他的画像，每年春秋举行释奠礼后再祭祀他，礼仪等同先贤。申王封爵照旧，赐谥号“文成”，按王爵礼制安葬。又下诏建立伊洛学宫，允许学宫自行主管学术事务，并以《原学正义》作为学校官定教材。皇帝亲自为该书作序，说维护原学就是维护中兴事业的根基。绍兴十二年，下诏让吕好问配享圣祖庙庭。
史臣评论说：
君子能够不朽，在于树立德行、建立功业、留下学说。吕氏家族世代继承并发扬美德，申王吕好问又承接这些传统，将它发扬光大。靖康年间，他在国家动荡危急之时接受任命，调和各种议论，辅助君主确定大计；执掌国政以后，能够以稳重压制浮躁意见，以通晓权变解救时局危难，在进退取舍之间不失正道，这是他的德行。
建炎以来，他在淮上为维护祖宗法度而力争，在白马津确定君臣名分，综合新旧政策，协调文武力量，维持中兴局面，使国家从危险重新走向安定，这是他的功业。
然而他最显著的贡献，是倡导原学以确定国家学术和政治方向。他把义理落实到具体事物之中，要求在实践中检验实际效果，纠正空谈的弊病，开辟经世致用的道路，使学术与政事彼此配合，这是他的立言。
吕好问晚年退居，懂得适可而止，因而避免危险；死后学说推行天下，制度也因之形成。他生前封为申王，死后谥号文成，配享于庄严宗庙，难道不是理所当然的吗？